Detección serológica y caracterización molecular de Potato virus S (PVS, Carlavirus) en cultivos de papa de Colombia / Detection and molecular characterization of Potato virus S (PVS, Carlavirus) from Colombia

In Colombia, potato crops are affected by a wide variety of viruses such as PVY, PLRV, PVX, PMTV and PVS. Unfortunately, there are very few studies on the biology, distribution and pathogenicity of these viruses; this situation is even worse for the latent virus PVS. In this work, we evaluated the presence of PVS in four Colombian provinces (Antioquia, Boyacá, Cundinamarca, Nariño) by the use of ELISA. We also studied the degree of molecular variation by sequence comparison of a segment of the gene encoding for the viral coat protein. In average, PVS was detected in 40% of 320 analyzed samples of potato leaves; the highest levels were observed in the East of Antioquia (49%) and Pasto (Nariño) (47%), while in the other regions ranged between 35% and 42%. Analysis of sequence revealed the presence of two PVS strains in Colombia: three isolates were associated to PVS O (Ordinary) and twelve belonged to PVS A (Andean). A high diversity was observed among PVS A strains with percent identities in the range of 88-99%. These findings highlight the importance of strengthening seed certification programs and quarantine measures in Colombia for viruses like PVS, which can cause losses of up to 20% in potato crops and even higher in mixed virus infection.

El cultivo de papa en Colombia es afectado por diversos virus, que incluyen PVY, PLRV, PVX, PMTV y PVS; aunque se han realizado pocos estudios sobre la biología, distribución y patogenicidad de dichos virus en Colombia, siendo especialmente escasa la información referente al PVS. En este trabajo se evaluó mediante pruebas de ELISA, la presencia del PVS en cuatro departamentos de Colombia, así como sus niveles de variación, a partir de la secuenciación de una porción del gen de la cápside viral. Los resultados indicaron una detección promedio del virus en el 40% de las 320 muestras analizadas, con zonas como el Oriente cercano de Antioquia (49%) y Pasto (Nariño) (47%), donde se detectó en mayor proporción el virus. Los análisis de variación molecular indicaron la presencia de las dos razas de PVS (Ordinaria y Andina) en Colombia, siendo los aislamientos de PVS A los más diversos, al pre- sentar un rango de identidad del 88 al 99%. Estos hallazgos indican que es imperativo el fortalecimiento de los programas de certificación de semilla y vigilancia cuarentenaria en el país, especialmente para virus como el PVS, que aunque puede ser asintomático, causa pérdidas hasta del 20% en cultivos de papa.

Incidencia de potyvirus y caracterización molecular de PVY en regiones productoras de papa (Solanum tuberosum L) de Colombia / Incidence of potyvirus and molecular characterization of PVY in potato (Solanum tuberosum L) growing regions of Colombia

Los problemas virales reducen los rendimientos y la calidad del tubérculo semilla en cultivos de papa de todo el mundo. Esta investigación se planteó con el fin de evaluar los niveles de incidencia de potyvirus en diez de las principales regiones cultivadoras de papa de los departamentos de Antioquia, Boyacá, Cundinamarca y Nariño (Colombia), y las características genotípicas del virus Y de la papa (Potato virus Y, PVY), seleccionado por ser el potyvirus más limitante de este cultivo. Para la evaluación de la incidencia se utilizaron pruebas de Elisa con anticuerpos que reconocen epítopes comunes a los potyvirus, mientras que las pruebas moleculares incluyeron el análisis filogenético de secuencias parciales del gen de la cápside viral de 33 aislamientos, así como la secuenciación de una porción de los extremos 5´ y 3´del genoma de dos cepas colombianas de este virus. Los resultados confirmaron la presencia de potyvirus en los cultivos de los cuatro departamentos evaluados, con una incidencia promedio del 72%, siendo este nivel superior al 56% en todas las zonas evaluadas. Los análisis moleculares del PVY, permitieron asociar las cepas colombianas estudiadas con las razas PVYN y la variante PVYNTN, esta última responsable de la enfermedad conocida en el mundo como PTNRD (Potato tuber necrotic ringspot disease).

Potato viruses are responsible for significant reductions in seed quality and crop yields around the world. In this study, we evaluate the levels of incidence of potyvirus in ten potato growing regions of Colombia from the provinces of Antioquia, Boyacá, Cundinamarca and Nariño. As PVY is the most limiting potyvirus in potato farming, a molecular characterization of Colombian PVY strains was also performed. Incidence was evaluated by ELISA using general potyvirus antibodies. Phylogenetic analysis were made on the partial sequence of the capsid gene from 33 isolates. A portion of the 5´ and 3' genome ends was obtained from two Colombian strains. Results confirmed the presence of potyvirus in the four provinces with an average incidence of 72%. The lowest incidence value was 56%. Molecular analysis clustered all Colombian isolates with strains PVYN and PVYNTN, the latter responsible for the disease known as PTNRD (Potato tuber necrotic ringspot disease).

Caracterizaciónsserológica y molecular de potyvrus asociados a la virosis del tomate de árbol en antioquia (Colomba)) / Serological and Molecular Characterization of Potyvirus Associated to the Viral Disease of Tamarillo in Antioquia (Colombia)

El tomate de árbol (Solanum betaceum) es una fruta andina altamente nutritiva, con propiedades organolépticas únicas para el procesamiento industrial y el mercado internacional. En Antioquia, Colombia, este cultivo presenta diferentes problemas fitosanitarios, siendo especialmente limitante la Virosis, causada por un complejo viral del que hacen parte entre otras, especies del género Potyvirus. En este trabajo se evaluaron mediante pruebas de ELISA los niveles de incidencia de este grupo viral en cultivos de siete zonas del departamento de Antioquia y se determinó la identidad taxonómica de dos de los potyvirus asociados al cultivo. Las pruebas serológicas muestran la presencia de potyvirus en seis de las siete zonas evaluadas, alcanzando niveles superiores al 80% de incidencia, siendo la excepción los cultivos del municipio de Jardín (8%). Pruebas serológicas con anticuerpos específicos para PVY, identificaron a este virus como uno de los presentes en algunas de las muestras sintomáticas colectadas; mientras que análisis de secuencias de amplicones obtenidos mediante RT-PCR, detectaron un nuevo potyvirus, para el que se propone el nombre Tamarillo Leaf Malformation Virus (TaLMV), aunque es necesario completar la secuencia de su genoma para confirmar la validez de esta hipótesis taxonómica. Esta investigación representa un avance importante en el conocimiento que se tiene en Colombia sobre los agentes causales virales del tomate de árbol. Sin embargo, es necesario profundizar en aspectos como los mecanismos de transmisión de estos virus y los efectos individuales y de su interacción sobre las variedades de este cultivo en el país.

Tomato tree (Solanum betaceum) is an andean fruit which, due to its high nutricious value and unique organoleptic properties, has very good potential for industrial processing and international marketing. In Antioquia, Colombia, this crop faces several phytosanitary problems, of which viral infections by species of the Potyvirus genus are the most limiting. In this work, potyvirus incidence levels was evaluated in seven regions of the Antioquia province using the ELISA assay. The taxomical identity of two potyvirus associated with this crop was also determined. Serological tests demonstrate the overall presence of potyvirus in six regions, with incidence levels above 80%. The only exception was the municipality of Jardin with an incidence of only 8%. Serological test specific to PVY virus, revealed its presence in many of the infected plants. DNA sequencing of RTPCR amplicons also showed the presence of a new potyvirus for which we propose the name Tamarillo Leaf Malformation Virus (TaLMV). However, to corroborate this taxonomical hypothesis it is necessary to complete the genome sequence of TaLMV. This research represents an important advance in the knowledge of viruses infecting tomato tree. However, future investigations are required to deepen further into the individual effects of each virus as well as the transmission mechanisms and interactions with different varieties of tomato tree.

Variabilidad genética de la bacteria Ralstonia solanacearum (Burkholderiales: Burholderiaceae) en la zona bananera de Urabá (Colombia)

Genetic variability of the bacterium Ralstonia solanacearum (Burkholderiales: Burholderiaceae) in the banana-growing region of Uraba (Colombia). The banana moko disease, caused by the bacterium Ralstonia solanacearum, is one of the most important phytopathological problems of the banana agribusiness in tropical countries. In Uraba and Magdalena (Colombia), the main exporting regions of banana in Colombia, this disease causes a destruction estimated in 16.5ha/year. The bacterium presents an extremely high level of genetic variation that affects control measures. This is the first study of its variation in Colombia and was done with AFLP molecular markers on a population of 100 isolates from banana plants, soils and "weeds". The high level of genetic diversity, with Nei and Shannon indexes of h=0.32 and I=0.48, respectively, and the AMOVA, showed that this population is subestructured (Fst=0.66): the host is the main factor of differentiation. Even so, previous tests show that all varieties have pathogenicity on Musa. Rev. Biol. Trop. 58 (1): 31-44. Epub 2010 March 01.

La enfermedad del moko de las musáceas, causada por la bacteria Ralstonia solanacearum, es uno de los problemas fitopatológicos más importantes de la agroindustria del banano en los países tropicales. En Urabá y el Magdalena (Colombia), las principales regiones exportadoras de banano en Colombia, esta enfermedad provoca una destrucción estimada en 16.5ha/año. La bacteria presenta un nivel extremadamente alto de variación genética que afecta las medidas de control. Este es el primer estudio de su variación en Colombia y se hizo con los marcadores moleculares AFLP en una población de 100 aislamientos de plantas de banano, suelos y arvenses. El alto nivel de diversidad genética, con índices de Nei y de Shannon de h=0,32 y I=0,48, respectivamente, y la AMOVA, demostró que esta población es subestructurada (Fst=0,66): el hospedero es el principal factor de diferenciación. Aun así, las pruebas anteriores mostraron que todas las variedades presentan patogenicidad en Musa.

Testes multiambientais na seleção de genótipos de arroz utilizando o modelo de regressão nos sítios ou locais / Multi-environment tests in the selection of rice genotypes using sites regression model

A análise da interação genótipo x ambiente utilizda no melhoramento de plantas tem sofrido mudanças na última década, melhorando a sua eficiência quanto à seleção dos genótipos sob diferentes condições ambientais. O objetivo deste trabalho foi analisar a produtividade e estabilidade de 12 genótipos de arroz em oito ambientes, durante os anos 2005 e 2006, na Colômbia. O delineamento utilizado foi o de blocos ao acaso com quatro repetições. Os parâmetros de estabilidade fenotípica e o agrupamento dos ambientes foram estimados pelo estudo da interação genótipo x ambiente, segundo o método SREG (Regressão nos sítios ou locais) e seu gráfico biplot (GGE). As análises estatísticas indicaram diferenças significativas (com 5 por cento de probabilidade de erro) entre genótipos e entre ambientes e significância (com 5 por cento de probabilidade de erro) da interação genótipo x ambiente, sugerindo uma resposta diferente dos genótipos nos vários ambientes. No método SREG, os dois primeiros componentes principais da interação explicaram 75,29 por cento da interação. Os genótipos 400094, 350361 e a variedade Fedearroz 50 foram considerados os de maior produtividade. Segundo o gráfico biplot GGE, os ambientes La Libertad e Escobal foram os mais favoráveis para o cultivo do arroz.

The analysis of genotype x environment interaction in plant breeding have been enlarged with new methodologies in the last decade, improving its efficiency on the selection of genotypes under different environmental conditions. The objective of this research was to analyze the yield and stability of twelve genotypes of rice, in eight environments, during the years 2005 and 2006 in Colombia. Completely randomized block designs with four replications were used. The phenotypic stability parameters and grouping of environments were estimated by the genotype-environment interaction study according to SREG (Sites Regression) method and its biplot graphic (GGE). The statistical analysis indicated significant differences (with 5 percent probability error) among genotypes and among environments. Also, it pointed out the significance (with 5 percent probability error) of the genotype-environment interaction, indicating different responses of genotypes confronted with different environments. In SREG method, the two first principal components of interactions explained 75.29 percent of the interaction. The genotypes 400094, 350361 and the variety Fedearroz were found as the highest yields. According to the biplot GGE graphic the environments La Libertad and Escobal were the ones with small variations during the years of study.

Regresión logística en la literatura psiquiátrica: evaluación de los artículos publicados entre 2002 y 2005 en una prominente revista / Logistic regression in psychiatric literature: evaluation of articles published between 2002 and 2005 in a prominent journal

INTRODUCCION: Muchos artículos de revistas especializadas en psiquiatría usan la regresión logística para identificar el efecto de variables independientes sobre la probabilidad de ocurrencia de un evento. Evaluaciones de artículos publicados en otras especialidades médicas han mostrado que el reporte de la regresión logística es incompleto en muchos casos, lo cual implica dificultades para su interpretación. OBJETIVO: Evaluar la calidad, en cuanto al análisis de regresión logística y a al cumplimiento de criterios de validez interna de los artículos publicados en una revista de alto factor de impacto en psiquiatría. METODOLOGíA: Dos revisores independientes seleccionaron (búsqueda manual) los artículos publicados en Archives of General Psychiatry (2002-2005) que usaran regresión logística y los evaluaron con criterios de validez interna del Journal of American Medical Association (JAMA) y un instrumento diseñado para valorar la calidad de los modelos logísticos (CML). RESULTADOS: De 121 artículos evaluados, 85 (70,2 por ciento) cumplían criterios de validez interna de JAMA. En relación con el instrumento CML, el criterio más reportado fue la codificación de las variables independientes (90,9 por ciento), seguido por el reporte del proceso de selección de variables independientes incluidas al inicio del estudio (87,6 por ciento) y por la inclusión del RR u OR del modelo con su respectivo IC (82,6 por ciento). El criterio menos reportado fue la evaluación de la bondad del ajuste (9,1 por ciento), seguido por el reporte del proceso de ajuste del modelo (24,8 por ciento). CONCLUSIONES: Aunque la mayoría de los artículos cumplen con altos estándares editoriales, la forma en que se reporta la regresión logística debe ser mejorada.

INTRODUCTION: Many articles in journals that specialize in psychiatry use logistic regression to identify the effect of independent variables on the probability of occurrence of an event. Assessments of articles published in other medical specialties have shown that the report of logistic regression is incomplete in many cases and this leads to difficulties in interpretation. OBJECTIVE: Assess the quality related to logistic regression analysis and accomplishment of internal validity criteria of articles published in a high impact journal specialized in psychiatry. METHODS: Two independent reviewers selected (manual search) articles that used logistic regression published in the Archives of General Psychiatry (2002-2005) and evaluated them with the internal validity criteria of the Journal of the American Medical Association (JAMA) and a tool designed to value the quality of logistic models (CML). RESULTS: Of 121 articles assessed, 85 (70.2 percent) met JAMA's criteria of internal validity. In relation to the CML tool, the most frequently reported criterion was coding of independent variables (90.9 percent), followed by the report of the selection process of independent variables included at the beginning of the study (87.6 percent) and by the inclusion of the RR or OR of the model and its respective CI (82.6 percent). The less frequently reported criterion was the goodness of fit (9.1 percent), followed by the report of the adjustment process of the model (24.8 percent). CONCLUSIONS: Although most articles reach high editorial standards, the reporting of logistic regression should be improved.

Pacientes con enfermedad renal terminal bajo hemodiálisis: libido y función eréctil / Patients with terminal renal disease in hemodialysis: libido and erectile function

Introducción: Los hombres en avanzado estado de Insuficiencia Renal Crónica (IRC) tratados con hemodiálisis presentan una alta prevalencia de Disfunción Eréctil (DE). Sin embargo, ha sido poco estudiado si estos pacientes preservan o no su deseo sexual a pesar de su estado de salud. Objetivo: Evaluar la integridad del deseo sexual y la prevalencia de DE en pacientes que padecen IRC y en terapia con hemodiálisis y la frecuencia de tratamiento en ellos. Métodos: Estudio multicéntrico de corte transversal llevado a cabo en 5 diferentes unidades renales en Medellín, Colombia. Ciento treinta y dos pacientes en tratamiento con hemodiálisis fueron evaluados para DE mediante el índice Internacional de Función Eréctil (IIEF) usando dos de sus dominios: Libido y función eréctil. La asociación con otras patologías también fue investigada. Resultados: La edad media de los pacientes fue de 60 mas menos 14,5 años. 61,4 por ciento y 81 por ciento de los pacientes tenían asociadas Diabetes mellitus e Hipertensión arterial respectivamente. La DE fue severa en el 70 por ciento de los pacientes, leve en el 19 por ciento y 11 por ciento no presentaron DE; 29 por ciento de los pacientes habían buscado tratamiento para la DE y de ellos 29 por ciento recibió tratamiento farmacológico. El deseo sexual fue calificado como de frecuencia moderada o alta en el 67,4 por ciento de los pacientes y la intensidad del deseo sexual moderada a muy alta en el 60,6 por ciento de los pacientes. Conclusiones: La libido fue altamente preservada en más del 60 por ciento de los pacientes, sin embargo la prevalencia de DE es muy alta (89 por ciento). A pesar de esto solamente el 11,3 por ciento de los pacientes recibieron tratamiento médico para mejorar su desempeño sexual.